Čiščenje in vzdrževanje masažnega bazena se izvaja s pomočjo specializiranih sredstev. Na voljo so čistila za površino, kartušni filter in ocevitve masažnega bazena. Tako kot v plavalnih bazenih tudi tukaj pozornost posvečamo algam, zaradi povišane temperature in posledično pH vrednosti pa ne smemo pozabiti na odlaganje vodnega kamna.